植物のタンパク質配列をゲノムワイドに比較すること

全てのデータは相同性のあるグループごとに保存モチーフの抽出・解析をしておりま すので、グループセットによって抽出されるモチーフセットが異なることがありま す。同じアノテーションに関して、複数の解析結果を参照することで、思わぬ発見に もつながります。また、インタラクティブ機能を使って、ユーザーの作成したグルー プからのモチーフ抽出・解析も可能です。こちらもお試しください。

SALADで用いているクラスタリング手法は、モチーフが似ているか、似ていないかを考慮したものなので、進化を考察することはできません。そのような場合は、モチーフの進化系統樹（NJ法）をご利用下さい。SALADには、各モチーフごと、また、その組み合わせで、NJ樹を作成する機能があります

スコア計算時のパラメータは経験的に設定しており、時にクラスタリングが乱れるケースが報告されています。