インタラクティブ解析

WEB上からインタラクティブにSALAD解析ができます。
(ユーザの持っている配列セットでモチーフ解析を実行することができます)

イネ、シロイヌナズナ、シゾン(SALAD databaseの現バージョンのデータセット)以外の配列を使われる方は、是非この機能を使って解析をして下さい。

全てのデータは相同性のあるグループごとに保存モチーフの抽出・解析をしておりますので、グループセットによって抽出されるモチーフセットが異なることがあります。同じアノテーションに関して、複数の解析結果を参照することで、思わぬ発見にもつながります。また、インタラクティブ機能を使って、ユーザーの作成したグループからのモチーフ抽出・解析も可能です。こちらもお試しください。

使ってみる

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解析方法

1.配列ファイル(Fasta形式)を準備する

  ※注意(Fsataファイルの制限)
    ・配列が120本より少ないこと
    ・配列ファイルが1MB以下

  制限を越えるものについて解析したい方は、こちらまでご連絡下さい

Fasta形式　例）

> Os01g02414xx
MQGARSAAAMAAAAADEEREVRRAVEEKPVV
GDDADPAALVDAALQARRRKDGGDKAAAGDG
> At3g0234x
MAPVSLPPGFRFHPTDEELITYYLKRKINGQ
DRKYPNGSRTNRATKGGYWKATGKDRRVSWR

・遺伝子名の頭に">"を付ける
・遺伝子の名前は英字で始めて英数字で15文字以内

2.解析ページにて、必要事項を記入し「upload」ボタンを押す

3.解析終了後にメールが送られてきます。
メールに記載されている解析結果のURLにアクセスすれば結果を見ることができます。

解析終了通知メール（例）

SALAD job confirmation;

 Your SALAD job is finished(being processed).
 Query ID; RzTFdjcOjd 

 http://salad.dna.affrc.go.jxxxxxx.jsp?pfamid=RzTFdjcOjd

解析結果

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