SALAD主要機能一覧


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モチーフアライメント

特定のモチーフで整列させて構造を比較することができる

図1.特定のモチーフでの整列例



モチーフでNJ樹

モチーフをクリックするだけで、モチーフ配列で作った進化系統樹(NJ法)が簡単に見れる

図2.モチーフ配列を使った系統樹表示例



配列ロゴ作成

系統樹のノード(樹形の分岐部分)をクリックするだけで、そのノードに含まれる配列で配列ロゴが作成できる

図3.配列ロゴ表示例



グラフィカルビュアー

同じドメインを持つグループや、配列の類似性でまとめられたグループのモチーフ構造がグラフィカルに見れる
ブラウザ上でモチーフ構造の表示データが操作できる(拡大・縮小・視点移動)

図4.SALADのビュアー



遺伝子情報表示

既知の遺伝子の情報を利用することもできる

図5.遺伝子情報表示画面



Pfamドメインの情報表示

Pfamドメインとの関係をグラフィカルに表示することが可能


図6.SALADのPfamドメインビュアー



他のデータベースへのリンク

各アノテーションには他のデータベース(NCBI等)へのリンクがある