SVG Plug-in Check! SALADデータベースでは、全てのデータをSVG形式で作成しています。 そのため、SALADの結果をブラウザでご覧になるためには、 SVGプラグインが必要となります。 SVG表示チェック画像 上の画像が確認できない場合は、プラグインがインストールされていませんので、 下記のページに書かれている方法にしたがって、プラグインをインストールして下さい。 (MacのOperaをご試用の方はこちらでご確認下さい→GO) プラグインインストール方法へ

Javascriptを有効に SALAD databaseでは、計算や表示の為にJavascriptを使用しております。 そのため、この機能を「無効」又は「OFF」としている場合、これらのページが正常に動作しない又は、正常に表示されないと言った不具合が発生することがあります。 もし正常に動作しないなどの症状が見られる場合は、ご使用のブラウザの設定を確認してみて下さい。 JavascriptをONにする方法

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■SALADデータベースとは

■SALADデータベースの機能一覧へ

■SALADデータベースの使い方へ

■免責事項

■データ関連

・RAP-DB ・MIPS Arabidopsis thaliana database ・Cyanidioschyzon merolae Genome Project

■ツール関連

・モチーフ検索 MEME ・配列ロゴ作成 Weblogo ・Rパッケージ pvclust ・SVG編集ソフト inkscape

■NIAS関連

・NIAS ・KOME

■その他

・バイオ研究者支援サイト　バイオウェブ-BIOWEB-]]> http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/40/post.html http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/40/post.html 40リンク Tue, 19 Dec 2006 18:14:07 +0900 ■免責事項

SALAD Database(http://salad.dna.affrc.go.jp)に含まれる情報もしくは内容を利用することで直接・間接的に生じた損失に対し、(独)農業生物資源研究所は一切責任を負わないものとします。また、SALAD Database上の文書に記載されている事項は予告なしに変更または中止されることがありますので、あらかじめご承知ください。

■Disclaimer

This server and its associated data and services are for research purpose only, not for clinical or commercial use. It is a non-profit service to the scientific community. The National Institute of Agrobiological Sciences has no responsibility for the use of results, data or information which have been provided through this server.

]]> http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/30/post_1.html http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/30/post_1.html 30免責事項 Tue, 19 Dec 2006 10:11:57 +0900 ■推奨ブラウザ

Windows XP sp2以降 Windows VISTA	・Internet Explorer 6.0以上 ・Opera 9.1以上 ・Firefoｘ 3.5以上
Macintosh OS X 10.2以降	・Opera 9.1以上(推奨) ・Firefox 3.5以上 ・Safari 3以上（mac OS X 10.4.1以上）

■プラグインチェック

SVG表示チェック画像 上の画像が確認できない場合(どちらかが表示されていればOK)は、プラグインがインストールされていませんので、 下記「SVGプラグインのインストール」の通り、プラグインをダウンロードしてください。

■SVGプラグインのインストール

SVG プラグインをインストールするには（Mac・Windows共通）： (１)お使いの環境に合わせてAdobeのSVGサイトAdobe® SVG Viewer（http://www.adobe.com/svg/viewer/install/main.html）から、プラグインをダウンロードします。 ←ダウンロードページへ (２)ダウンロード後、指示に従ってインストールしてください。 （ダウンロードしたファイルをそのまま実行してくださいしてください） (３)ブラウザを再起動して下さい

■JavascriptをONにする方法

■ Windows をご使用の方のJavaScriptオンの設定方法 ・Internet Explorer 6.0 以上の場合 「ツール」から「インターネットオプション」を選んで下さい。 「セキュリティ」タブシートを選択します。 「Web コンテンツゾーン」は「インターネット」を選択します。 「このゾーンのセキュリティレベル」の「レベルのカスタマイズ」ボタンをクリックします。 「スクリプト」の「アクティブスクリプト」を「有効にする」にチェックを入れて下さい。 「OK」ボタンを押します。 ・Netscape 7.1 以上の場合 「編集」メニューから「設定」を選択します。 「詳細」カテゴリの「スクリプトとプラグイン」を選択します。 「JavaScriptを有効にする」の「Navigator」にチェックを入れて下さい。 「OK」ボタンを押します。 ・Firefox 1.0 以上の場合 「ツール」メニューから「オプション」を選択します。 「Web機能」カテゴリを選択します。 「JavaScriptを有効にする」にチェックを入れて下さい。 「OK」ボタンを押します。 ■ Mac をご使用の方のJavaScriptオンの設定方法 ・Safari 1.3 以上の場合 「Safari」メニュー内の「環境設定」を選んで下さい。 「セキュリティ」カテゴリを選択します。 「Webコンテンツ」の「JavaScriptを有効にする」にチェックをして下さい。 「環境設定」を閉じます。 ・Netscape 7.1 以上の場合 「Netscape」メニューから「環境設定」を選択します。 「詳細」カテゴリの「スクリプトとプラグイン」を選択します。 「JavaScriptを有効にする」の「Navigator」にチェックを入れて下さい。 「OK」ボタンを押します。 ・Firefox 1.0 以上の場合 「Firefox」メニューから「環境設定」を選択します。 「Web機能」カテゴリを選択します。 「JavaScriptを有効にする」にチェックを入れて下さい。 「OK」ボタンを押します。

]]> http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/20salad/post_2.html http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/20salad/post_2.html 20推奨環境 Tue, 19 Dec 2006 09:59:41 +0900 ■目的

植物のタンパク質配列をゲノムワイドに比較すること

■特徴

モチーフとは？

バージョン間のデータセットの比較 ver. 3.0の詳細 ver. 2.0の詳細 ver. 1.0の詳細 データセット (ver. 3.0) 画像引用: 統合DB(http://lifesciencedb.jp), JGI(http://www.jgi.doe.gov/) ・RAP-DB (http://rapdb.dna.affrc.go.jp/) ・JGI (http://genome.jgi-psf.org/) ・TAIR (http://www.arabidopsis.org) ・Cyanidioschyzon merolae Genome Project (http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/) ・SDG Saccharomyces Genome Database (http://www.yeastgenome.org/) ・Vitis project (http://www.genoscope.cns.fr/externe/GenomeBrowser/Vitis/) データセット(ver. 2.0) ※ver. 2.0 では単子葉（イネ、ソルガム）で保存されているモチーフは取れていますが双子葉（シロイヌナズナ）は1種なので、双子葉特異的なモチーフが取れていない可能性があります。 ・RAP-DB (http://rapdb.dna.affrc.go.jp/) ・JGI (http://genome.jgi-psf.org/) ・TAIR (http://www.arabidopsis.org) ・Cyanidioschyzon merolae Genome Project (http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/) ・SDG Saccharomyces Genome Database (http://www.yeastgenome.org/) データセット (ver. 1.0) ・RAP-DB (http://rapdb.dna.affrc.go.jp/) ・MIPS (http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/athal/index.jsp) ・Cyanidioschyzon merolae Genome Project (http://merolae.biol.s.u-tokyo.ac.jp/)

■注意事項

全てのデータは相同性のあるグループごとに保存モチーフの抽出・解析をしておりま すので、グループセットによって抽出されるモチーフセットが異なることがありま す。同じアノテーションに関して、複数の解析結果を参照することで、思わぬ発見に もつながります。また、インタラクティブ機能を使って、ユーザーの作成したグルー プからのモチーフ抽出・解析も可能です。こちらもお試しください。   SALADで用いているクラスタリング手法は、モチーフが似ているか、似ていないかを考慮したものなので、進化を考察することはできません。そのような場合は、モチーフの進化系統樹（NJ法）をご利用下さい。SALADには、各モチーフごと、また、その組み合わせで、NJ樹を作成する機能があります   スコア計算時のパラメータは経験的に設定しており、時にクラスタリングが乱れるケースが報告されています。

]]> http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/10salad/salad.html http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/10salad/salad.html 10SALADデータベースとは Tue, 19 Dec 2006 09:51:03 +0900